早在1989年，中央研究院便有同仁意識到地理資訊科學在學術研究方面的重要性，一直到1996年11月，歷史語言研究所正式成立院内第一個地理資訊工作室，並於隔年和計算中心合作，積極建構一個全院性的「地理資訊聯合實驗室」，本專題中心及其前身──地理資訊科學研究計畫，即由該實驗室衍生而成，接著在2004年7月併入人文社會科學研究中心、2006年3月改制為地理資訊科學研究專題中心，期間蒙李遠哲前院長大力協助，撥款購置軟、硬體及取得基本圖資等。

地理資訊科學源自1960年代美、加學者探討以電腦製作地圖，並將其作為國土自然資源規劃與管理的機制。在這一基礎上，首先形成了地理資訊系統(Geographical Information System)，之後與遙感(Remote Sensing) 、衛星定位系統(Global Positioning System)等技術整合，大為擴充與豐富了地理資訊科學的内涵，使其原本侷限於自然與應用科學領域範疇的運用，自1990年代中期以來，逐漸擴展至人文社會科學領域，在這一趨勢之下，本院地理資訊聯合實驗室於是應運而生。

地理資訊科學的基本原理，是以最符合人類思考模式的資訊整合應用方法與環境(資料産生、撷取、處理、傳播、呈像，以及依需要加以改變)，針對空間資訊的處理提供專屬的資料架構、軟體模組(如空間資訊分析與圖層處理等)，以及應用和呈像介面。運用其有效的獲取、儲存、更改、處理、分析及顯示任何形式的空間資訊，進而透過時空架構橋樑，將各種類型、不同時空的資料與數位資訊處理系統作最有效的整合與應用，並以多維方式展現資料的内涵與意義。

基於上述原理，本專題中心近年來除不斷提昇既有地理資訊技術整合、操作與運用的能力外，還積極開展地理資訊科學資料來源的收集，其中包括了大量中國大陸與臺灣地區新舊地圖、航測與衛星影像的取得及數位化。